El Nivel Secundario, con una duración de seis años distribuidos en 3 años de Educación Secundaria Básica y 3 años de Educación Secundaria Superior, tiene como propósito profundizar y fortalecer el proceso de formación integral que los alumnos y alumnas transitan en el Nivel Primario.
Para ello procura ofrecer situaciones y experiencias que les permitan redefinir su proyecto de vida a través de la adquisición de saberes para continuar sus estudios, el cultivo de la espiritualidad rogacionista, el fortalecimiento de la formación ciudadana, y el vínculo entre el Colegio y el mundo del trabajo mediante una inclusión crítica y transformadora en el ámbito productivo.
En la Secundaria Superior los alumnos pueden elegir la modalidad de Ciencias Naturales o Ciencias Sociales, existiendo contenidos comunes a ambas y otros específicos de cada modalidad.
La centralidad de los alumnos en el proceso educativo es fundamental para que ellos puedan desarrollar diversas habilidades intelectuales, emocionales, espirituales, sociales, artísticas, solidarias, deportivas de acuerdo a sus gustos, dones y talentos.
Los desafíos de hoy prevén una formación que priorice la capacidad de reflexionar e interpretar las realidades locales y globales, así como actuar de acuerdo con las necesidades colectivas, teniendo en cuenta las enseñanzas basadas en el carisma de Rogate a través de acciones pedagógicas..